Een document waarin het onderzoeksplan wordt beschreven voordat het daadwerkelijke onderzoek wordt uitgevoerd. Het protocol is ontworpen om de onderzoeksmethoden en -procedures te beschrijven, zodat het mogelijk is deze te herhalen. Het protocol moet duidelijk de volgende informatie bevatten: de reden voor het uitvoeren van het onderzoek, de definitie van de doelpopulatie (de toelatingscriteria), het aantal deelnemers dat kan meedoen, de beschrijving van de behandelingen die worden onderzocht, het schema van tests en diagnostische procedures, geneesmiddelen en hun dosering, de duur van het onderzoek en de gegevens van de deelnemers. Soms wordt het protocol opgesteld door de onderzoekers in samenwerking met patiënten of hun vertegenwoordigers. Elk klinisch onderzoeksprotocol moet worden geregistreerd in ad hoc institutionele databases (USA www.clinicaltrials.gov , EU www.clinicaltrialsregister.eu/ ).
